核酸／タンパク質の解析

遺伝子予測
- FramePlot - 高GC含量DNAをもつバクテリアのcoding region予測ツール
- GeneHacker
- GeneMark
- GENSCAN: MIT | dkfz | Pasteur
- GRAIL
E-AGE - アガロース電気泳動シミュレーター
Java Ribosome - DNA -> Protein translation [Java]
KiloAce - アガロース電気泳動のための原始的検量線ツール
オリゴヌクレオチドの性状
- Oligo Calculator - オリゴヌクレオチドの融点、GC含量、分子量など。 [Java]
- Tm Determination - オリゴヌクレオチドの融点
Open Reading Frame検索
- ORF Finder
- WebGene ORF and protein analysis - ORFの翻訳だけでなく、アミノ酸組成も即座にわかる。
PROSCAN - 真核生物PolIIプロモーター配列とのホモロジーからプロモーターを予測する
PCR
- Primer design: Primer3 | GeneFisher2 | PrimerQuest
RNAi & siRNA
- Design: siDirect | SiRNA at Whitehead | siRNA selector | siSearch | siRNA Elite | BLOCK-iT^TM RNAi Designer | RNAi Design
Sequence manipulation
- ReadSeq - 配列データフォーマット相互変換
- Reverse, Complement or Reverse and Complement [Java]
制限酵素解析
- WWWtacg - 制限酵素解析の結果を表、linearマップ、疑似ゲルパターンなどでレポートします。
- Webcutter - an on-line tool for restriction mapping
- WebGene Restriction Enzyme Analysis
SIGSCAN - Find and list homologies of published signal sequences with the input DNA sequence
tRNAscan - tRNA detection tool

アミノ酸配列モチーフ:
- BLOCKS
- CDD - Conserved Domain Database
- MOTIF (ゲノムネット)
- Pfam
- PROSITE (EBI)
- SMART
二次構造予測:
- BCM protein secondary structure
- NNPREDICT
- PredictProtein - PHD, TOPITS, MaxHom, EvalSec
BioMagResBank - a database of NMR-derived protein structures
pI/Mw - a tool which allows the theoretical pI and Mol.wt.
Protein Kinase Resource (PKR) - a web accessible compendium on protein kinases [Mirror]
SignalP - predicts the presence and location of signal peptide cleavage sites
PSORT
SWISS-MODEL - an automated knowledge-based protein modelling server (3D-structure prediction)

BOXSHADE - アラインされた配列の同じ塩基/残基を反転表示したり網掛け表示をするツール。 ClustalWあるいはMSF(GCG)フォーマットを受け付ける

BCM Search Launcher
- Gene Finder - スプライスサイト, エクソン予測, 遺伝子モデル
- タンパク質2次構造予測 - SSP, Segment-oriented prediction; NNSSP, Nearest-neighbor prediction
ExPASy tools
GenQuest
JaMBW - Java based Molecular Biologist's Workbench
NCSA BIOLOGY WORKBENCH
Prot-Web