研究用ツール

データベース

- 細胞 & 遺伝子コレクション

• ATCC (American Type Culture Collection)
• FGSC (Fungal Genetics Stock Center)
• JCRB (Japan Cancer Research Resources Bank): Gene Bank | Cell Bank
• NBRC (旧発酵研究所のIFO株を含む)
• NBRP (ナショナルバイオリソースプロジェクト ``病原微生物'')
• 培養生物世界データセンター (WDCM)
  • JCM (Japan Collection of Microorganisms)
  • JFCC (Japan Federation for Culture Collections)
• 理研ジーンバンク
• ベクター:
  • クローニングベクターコレクション - 大腸菌のクローニングベクターの収集と配布を行なっている。
  • NCCB vector database - ベクターの名前や性質で検索できる。

- 統合データベース

• DBGET (ゲノムネット)
• SRS (Network Browser for Databanks in Molecular Biology)
• Entrez (NCBI): Nucleotide | Protein | PubMED
• getentry
• 代謝経路:
  • WIT - What Is There?
  • KEGG - Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes

- 核酸 & タンパク質

• DBCAT - the public catalog of database

• Codon Table [Java]
• CUTG - コドン使用テーブル
• DDBJ/GenBank Daily Updates - DDBJ and/or GenBankの最新エントリーのリスト
• EPD (真核生物プロモータデータベース): EBI | ゲノムネット
• EST (Expressed Sequence Tags): NCBI | dbCFC (サイトカイン)
• GeneCards - human genes, proteins and diseases
• OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man)
• OPD (Oligonucleotide Probe Database)
• REBASE (制限酵素データベース)
• Ribosome:
  • RDP (The Ribosomal Database Project)
  • rrndb
  • The rRNA WWW Server
  • 5S Ribosomal RNA database
• Stable RNA:
  • RNase P database
  • Small RNA database
  • SRPDB
  • uRNA database
  • tmRNA website
  • tmRNA database
• STS (Sequence Tagged Sites): NCBI | Electronic PCR (検索)
• TargetFinder - searches for candidate target genes of DNA-binding proteins.
• TFD (転写因子データベース)
• TRANSFAC - a database on eukaryotic cis-acting regulatory DNA elements and trans-acting factors.
• TRRD (転写調節部位データベース)
• Vector db

• SAKURA - DDBJ DNA データ登録システム
  日本人ならDDBJにsubmitしましょう。
• AutoDep - PDB data submission

• 2D gel protein databases: SWISS-2DPAGE | Danish Centre for Human Genome Research
• Antibody Resource
• The AAA Superfamily - ATPases Associated with various cellular Activities
• EC-Enzyme - an enzyme classification database
• Histo - dedicated to the investigation of the relationship between sequence, structure and function of the proteins of the Major Histocompatibility Complex (MHC)
• Molecules R US - PDBデータベース検索
• NC-IUBMB - Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology
• NRL_3D - a sequence-structure database
• ProteinProspector - ペプチド/タンパクのマススペクトルデータの検索
• OWL - a non-redundant composite of 4 publicly-available primary sources: SWISS-PROT, PIR (1-3), GenBank (translation) and NRL-3D
• PEP-LEXICON - オリゴペプチドの機能予測
• PDB - Protein Data Bank
• Pfam - a high-quality comprehensive collection of protein domain families
• PSORT - PSORT I, II, PSORTb, iPSRT, etc. Prediction of protein subcellular localization
• PRF - a database of protein primary structures
• ProDom: Toulouse - タンパクファミリーデータベース
• PROSITE
• SCOP - Structural Classification of Proteins
• SWISS-PROT
• TagIdent - SWISS-PROTに登録されているデータの中から、 pIと分子量の近いエントリーを検索するツール

- モデル生物

• GOLD^TM: Genomes OnLine Database HomePage - TIGRよりもベターです
• The Institute for Genome Research (TIGR)
• DOE Joint Genome Institute (JGI)
• The Sanger Center
• Nature Genome Gateway
• Science magazine Special Issues

• Entrez Genomes
• Ensembl
• GDB - The Genome Database
• Genome Information Broker for Microbial Genomes
• Genome Navigator [Java]
• MBGD - Microbial Genome Database for Comparative Analysis
• PEDANT - Protein Extraction, Description, and ANalysis Tool

• AFDB - The Archaeoglobus fulgidus Genome Database
• 家畜ゲノムデータベース - ブタ、ウシ、ウマ、マウス、ヒト。 available Java-based clickable map
• AaeDB - Aedes aegypti genomic database (蚊)
• 枯草菌:
  • BSORF
  • SubtiList
  • NRSub - A Non-Redundant Database for Bacillus subtilis
• BBDB - The Borrelia burgdorferi Genome Database
• 線虫 C. elegans
• Candida albicans
• CyanoBase - Synechocystis sp.
• 大腸菌:
  • E. coli Genome Project (MG1655)
  • CGSC (E. coli Genetic Stock Center)
  • Colibri
  • EcoCyc - Encyclopedia of E. coli Genes and Metabolism
  • The E. coli Index
  • E. coli WWW Home Page [Java]
  • GenoBase (W3110)
• FlyBase - a database of the Drosophila genome
• フグゲノムプロジェクト
• HPDB - The Helicobacter pylori Genome Database
• HIDB - The Haemophilus influenzae Rd Genome Database
• HIV Database (Los Alamos Natl. Inst.)
• Methanobacterium thermoautotrophicum
• Human:
  • Science 16 Feb., 2001
  • Nature 15 Feb., 2001
  • 21番染色体
  • Celera
  • Human Genome Sequencing (NCBI)
• MGI - Mouse Genome Informatics
• MJDB - The Methanococcus jannaschii Genome Database
• 結核菌:
  • Mycobacterium tuberculosis H37Rv
  • MycDB - Mycobacterium database
  • TubercuList
• マイコプラズマ:
  • MGDB - The Mycoplasma genitalium Genome Database
  • MYCOPLASMA PNEUMONIAE GENOME PROJECT
  • Mycoplasma penetrans Genome - 感染研で行われました
• Nocardia farcinica IFM 10152 - 私がやりました
• Protist Databases - 原生動物イメージデータベースとプロトコール などのデータブック
• Pseudomonas Genome Project - Pseudomonas aeruginosa
• Pyrococcus horikoshii OT3
• RATMAP
• Saccharomyces cerevisiae:
  • SGD - Saccharomyces Genome Database
  • The Yeast Genome Project
• Schizosaccharomyces pombe
• Staphylococcus aureus:
  • Mu50 COMPLETE!
  • N315 COMPLETE!
  • The University of Oklahoma
  • Sanger Center
• Streptomyces avermitils
• Streptomyces coelicolor A3(2)
• Vibrio cholerae
• YPD - 酵母のタンパク質データベース

- 化合物

• 抗菌薬インターネットブック - 「抗菌剤ハンドブック」のインターネット版
• 薬剤情報 - 薬事公報をもとに作成された薬剤データベース。
• 医薬品の３次元構造データベース
• ChemFinder
• ChemIDPlus
• GINC (Global Information Network on Chemicals) - 化学物質データベースの統合検索
• Klotho: Biochemical Compounds Declarative Database
• LIPID BANK for Web - 日本発脂質データベース
• 日化辞Web 日本化学物質辞書Web - chemical and physical property data for chemical species
• NIST Chemistry WebBook - chemical and physical property data for chemical species
• Novel Antibiotics DataBase (NADB) - Journal of Antibioticsに発表された新規抗生物質のデータベース
• PubChem - PubMedと連動する低分子の生物活性物質に関する情報
• SDBS - 有機化合物のスペクトルデータベース
• 化合物命名法談義 - IUPACとCASの化合物命名法を紹介している。 慣用名メニューはなかなか便利。

- 文献

• Actinomycetes Related Articles Appeared in PubMed - 毎日曜に自動更新される放線菌関係の論文リスト
• 日本国内図書館OPACリスト(On-line Public Access Catalog) List
• COPAC - Online Public Access Catalogue by the Consortium of University Research Libraries.
• DOAJ - Directory of Open Access Journals PubMedには収録されていないマイナーな雑誌が多数
• PubMED
• PubMed robot: [ Biomail | PubCrawler ]
• ingenta (formerly UnCover)

- 画像データベース

• Digital Atlas of Actinomycetes - デジタル放線菌図鑑
• 原生生物情報サーバー - 原生生物図鑑などがある

- その他

• 分類学:
  • DDBJ
  • NCBI
  • Bacterial Nomenclature Up-To-Date
  • LBSN - List of Bacterial names with Standing in Nomenclature
• 特許:
  • 特許庁
  • 米国特許庁
• KAKEN: 科学研究費補助金研究成果概要データベース - 科研費により行われた研究の採択時のデータと研究成果の概要を収録したデータベース
• 厚生労働科学研究成果データベース
• PDQ - NCI's Physician Data Query database
• WIT (formerly PUMA) - a www-based system to support the curation of function assignments made to genes and the development of metabolic models.
• Transgenic and Targeted Mutant Animal Database
• Visible Human