1. マルチプルアラインメント - PILEUP, PRETTY

  1. アラインしようとする配列のデータファイル名を列挙した リストファイル(例えばsequences.list)を用意する:
    ..
    human.seq
    bovine.seq
    chick.seq
    
  2. 以下を実行する:
    % pileup @sequences.list
    
  3. (特に指定しなければ)リストファイル名のsuffixが".msf"になった ファイルに結果が出力される。
  4. MSFファイルからコンセンサス配列をもとめたりするために、 PRETTYで整形する:
    % pretty -CONsensus sequences.msf{*}
    
    -DIFferencesオプションを使うと 出力が"うるさく"なくなる(やってみればわかります:-)。

Last modified: Sat Mar 29 23:35:38 1997