2. 自分で作った配列データをBLASTで検索したい - GCGTOBLAST

  1. 自分で作った配列データ名を列挙したリストファイル (例えばmy.list)を用意する:
    ..
    first.seq
    second.seq
    third.seq
           
  2. gcgtoblastコマンドを使って独自のデータベースを作る:
    % gcgtoblast
    
    ToBLAST combines any set of GCG sequences into a database that you can
    search with BLAST.
    
    TOBLAST of what input sequence(s) ?  @my.list
    
    What should I call the database ?  mydb
    (省略)
    TOBLAST complete:
    
            Sequences: 11
              Symbols: 8,944
    Ambiguity Symbols: 1,217
      Output files in: .
           
  3. -infile2オプションを使ってBLASTで検索する:
    % blast -infile2=mydb
           

Last modified: Wed Apr 23 21:14:38 1997