1. DNASISやABI373のデータを使うには - CHOPUP

DNASISやABI373のデータは塩基配列やアミノ酸配列が1行にズラズラと並んで いて、これをREFORMATコマンドにかけてもエラーになってしまいます。 CHOPUPコマンドを使うと50文字/行に変換してくれます。

Before (temp.seq):

AGCTAGCTAGCTAGC...TAGCTAGCTAGCTAGCTAGCT...

% chopup

After (temp.dat):

AGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAG
CTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCT
AGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAG
CTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCT
[...]
CTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCT
AGCT

そのあとREFORMATすることでGCGフォーマットに変換できます。

% reformat temp.dat

 REFORMAT of: temp.dat  check: -1  from: 1  to: 504  September  5, 1996 15:09

 (No documentation)

temp.dat  Length: 504  September  5, 1996 15:09  Type: N  Check: 3518  ..

       1  AGCTAGCTAG CTAGCTAGCT AGCTAGCTAG CTAGCTAGCT AGCTAGCTAG 

      51  CTAGCTAGCT AGCTAGCTAG CTAGCTAGCT AGCTAGCTAG CTAGCTAGCT 

     101  AGCTAGCTAG CTAGCTAGCT AGCTAGCTAG CTAGCTAGCT AGCTAGCTAG 
     [...]
     451  CTAGCTAGCT AGCTAGCTAG CTAGCTAGCT AGCTAGCTAG CTAGCTAGCT 

     501  AGCT

Last modified: Sat Mar 29 23:36:54 1997