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SHead

Scripts for Handling evolutionary-analysis data
分子系統樹や進化距離の推定などの分子進化学的解析は、手作業やスプレッドシートでは適わない程の膨大な情報処理を必要とします。このため、従来から研究者は専用のコンピューターソフトを使って解析を行ってきました。しかし、手持ちのシーケンサからのデータをアライメントし、距離行列を求め、系統樹を推定して、publish出来る結果に仕上げるという作業は複数のソフトの手を借りなければ出来ないのが現状です。これらのソフトは残念ながら標準の入出力フォーマットが決まっておらず、研究者はソフトを変えるたびにエディタやワープロを使ってデータフォーマットを編集していました。
SHeadは、現在流通している進化学的解析ツールのうちよく使われる、アライメントツールのClustalW・汎用解析ツールのPHYLIP・MEGAおよび一般的なシーケンサーの使用を想定し、これらのソフト間のデータ変換と簡単なデータ集計を目的にして作られたパッケージです。パッケージ内のコマンドの多くはPerl 5.0のスクリプトで書かれています。SHeadはUNIXワークステーションやその他のPerl5の動く環境下で、解析データの迅速なハンドリングを実現します。


このページを訪問される皆様へ…

などと偉そうなことを書いてありますが、SHeadは私用に開発したツー ル群で、本来公開するように作っておりませんでした。このページも 本人の覚書として作られたものです(^^;
それでもいいから欲しいという方は、 tshiino@nih.go.jpまで御連絡ください。tar形式のファイルでお渡 ししたいと考えております。

SHead reference manual (Release 1.2)

SHeadによるデータファイル処理のフローチャート


主要ツールの使い方

シーケンスデータから ClustalW用のデータを作る
シーケンスアセンブラ (seqasm.pl)

ClustalWによるアライメントとファイルの変換
概要
ClustalWからMEGAへ (aln2mns.pl)
ClustalWからPHYLIPへ (aln2phy.pl)
元データからMEGAへ (seq2mns.pl)
元データからPHYLIPへ (seq2phy.pl)
アライメントファイルの編集・修正 (Modifing enzymes)
核酸アライメントファイルの翻訳

MEGA用シーケンスファイルの扱い
概要
フレームを合わせる (fshift)
MEGA用ファイルを元データに戻す (mns2seq.pl)

PHYLIP用シーケンスファイルと距離行列ファイルの扱い
概要
距離行列ファイルの変換 (pdx2mdx.pl)

MEGAの距離行列ファイルの変換と解析
表計算ソフト等への読み込み
mean nucleotide diversityの算出 (meandiv.pl)
二つの距離行列の比を算出する (mdivide.pl)

配列の選択とlist fileの作成
概要
ユニークな配列をリストアップ (uniqlist.pl)
任意の配列の選択・抽出
Please send some comments and opinions to tshiino@nih.go.jp.
ClustalW has been released by Desmond Higgins in the European Bioinformatics Institute in Cambridge, England.
MEGA has been released by Sudhir Kumar, Koichiro Tamura, and Masatoshi Nei of the Institute of Molecular Evolutionary Genetics.
PHYLIP is a free package of programs released by Joe Felsenstein of the Department of Genetics at the University of Washington.

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