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核酸アライメントファイルの翻訳
alnslate.pl

DNAやRNAの配列データしかない状況で、構造遺伝子のアミノ酸配列に基づいた 解析をしたいこともよくあります。MEGAなど一部の統合環境を実現した アプリケーションは、こういったときアライメントのすんだファイルを アミノ酸配列に翻訳してくれます。SHeadはコマンド主体のパッケージですが、 こういった用途に使う alnslate.pl というスクリプトが用意されています。

alnslate.pl の使い方

まず、lessやmoreを使ってターゲットのアライメントファイルのreading frameが どこから始まっているかを確認してください。このとき同時に、塩基挿入がframe と合っているかどうかも確認し、必要に応じて手で修正しておくといいでしょう。

alnslate.plのコマンド形態は以下の通りです。

alnslate.pl [-s1|-s2] < .aln_file
[]で囲まれた所は省略可能で、|で区切った所はどちらかを指定します。

オプション-sは、frame shiftの指定で、後に続く数字で1baseまたは2base 右にずらして読み始めます。入力ファイルは必ずリダイレクト(<)を使って下さい。

出力は画面に出されますので、確認の上間違えが無ければ、

alnslate.pl [-s1|-s2] < .aln_file > 出力ファイル名
で、アミノ酸配列のファイルをつくって下さい。