二つの距離行列の比を算出する
mdivide.pl

アミノ酸変異への選択圧の指標として同義置換と非同義置換の比を算出する事は、しばしば行われます。SHeadでは、mdivide.plというスクリプトを使う事で2つのMEGA距離行列を割り算して、比の距離行列を作る事が出来ます。mdivide.plはまた、入力距離行列の平均とその比、比の距離行列の平均も併せて出力します。

マトリクス全体の比の算出

mdivide.plを使って、2つのマトリクス(ファイル1.mdx, ファイル2.mdx)の比 (ファイル1/ファイル2) を算出する為にはプロンプトから、以下のように打ちます。
user@host% mdivide.pl ファイル1.mdx ファイル2.mdx
すると、ファイル1をファイル2で割ったマトリクスが、データリスト形式で画面に出力されます。
CAR4017 2-2-c2V *
CAR4017 2-2-c30V        0.125
CAR4017 2-2-c31V        0.217391304347826
CAR4017 2-2-c3V 0.166666666666667
CAR4017 2-2-c4V 0.125
CAR4017 CAR4071 2.18181818181818

mean_for_the_matrix   +-SE    0.652891        0.000367
        n_of_the_matrix 1781

mean_for_ds     +-SE    0.025149        0.000012
mean_for_dn     +-SE    0.061443        0.000030
        mean_ds/dn      0.409300
        n_of_the_matrix 2016

データリストの後ろは、マトリクスの平均、そのデータ数、空行、第1引数で指定した行列の平均、第2引数で指定した行列の平均、その比、データ数となっています。
比のマトリクスの要素は、分母が0の時には * で表現されています。また、このような値がある為、マトリクスの平均と、入力ファイルそれぞれの平均の比は一致しません。研究にあわせてどちらかの数値をお使い下さい。
算出された比のマトリクスを、スプレッドシート等で解析したい時には、
user@host% mdivide.pl ファイル1.mdx ファイル2.mdx > ファイル.dat
として、比のファイルを作った後、これをパソコンに持って行って下さい。

マトリクスの部分的な比を算出する

mdivide.plの便利な機能に、リストファイルの利用があります。これをうまく使えば、大きな距離行列のある一群のクローンだけを抽出して、その比を計算することが出来ます。シーケンスが幾つかのグループに分かれている時や、距離行列がシーケンスした全てのクローンを含む為に重複が生じている時などに、この機能を使うと便利です。
リストファイルに記されたクローンのみの間でマトリクスの比を計算するには、プロンプトから、
user@host% mdivide.pl ファイル1.mdx ファイル2.mdx リストファイル名
と打ちます。出力は、先程と同様です。ファイルに保存して、スプレッドシート等に持って行きたい時は
user@host% mdivide.pl ファイル1.mdx ファイル2.mdx リストファイル名 > ファイル.dat
として、比のファイルを作った後、これをパソコンに持って行って下さい。
リストファイルは、こちらの説明にしたがってワープロ・エディタやnuiqlist.plで作って下さい。