表計算ソフト等への読み込み
mdx2dat.pl, mdx2txt.pl

MEGAの出力する距離行列ファイルは、複雑で個々のデータの並び方も計算しずらい形式です。距離行列を表計算(スプレッドシート)・グラフ・統計処理・データベースなどのパソコンのアプリケーションに読み込ませることは、大変でした。SHeadでは、これらのアプリケーションに簡単に読み込ませることができる形に、.mdx形式のファイルを変換するフィルタを用意しました。

MEGA距離行列を一般アプリケーションへ

距離行列をパソコンのアプリケーションに読み込ませる目的は、おもに2つ考えられます。ひとつめは、個々の進化距離に統計的な解析を行うことであり、もう一つは発表できる形式の距離行列の図を作成する事でしょう。この2つの目的の為には、それぞれ別のフィルタが用意されています。
距離行列の解析用の変換を行うには、mdx2dat.plを使います。プロンプトから、
user@host% mdx2dat.pl ファイル名.mdx > ファイル名.dat
とすると、ファイル名.datという名のデータリストが作られます。
一方、距離行列をそのままの形でワープロやスプレッドシートに持っていき図表に仕立てたいときには、mdx2txt.plを使います。プロンプトから、
user@host% mdx2txt.pl ファイル名.mdx > ファイル名.txt
とすると、ファイル名.txtという名のテキストファイルが作られます。
拡張子.dat .txtは必須ではありませんが、SHeadにおける推奨です。

変換されたファイルをパソコンに持っていくためには、幾つかの操作が必要です。AppleTalk経由でMacintoshに転送したいときには、まずファイルをMac形式に変換する必要があります。Unixと他の機種とのファイル変換のためのツールで、よく使われるの がqkcです。ここでは、qkcを使ったファイル転送の前処理の方法を説 明します。
お使いのUNIX Workstationにqkcがインストールされていない場合は、インストールして下さい。一般ユーザでもインストール可能です。
AppleTalk経由でMacintoshに持っていく時は、プロンプトから

user@host% qkc -ma ファイル名
そのあと、このファイルをmvコマンドでAppleTalkで読めるディレクトリに移動してAppleTalkを繋げ、finder上でアイコンをドラッグ&ドロップしてください。なお、Fetchで転送する場合は変換の必要はありません。
Samba経由でWindowsに持って行く時は、プロンプトから
user@host% qkc -m ファイル名
とします。ただし、この変換は必ずしも必要ではないようです。なおFTPツールを使う時には変換は必要有りません。

距離行列を扱う時のお奨めアプリケーション

MacintoshやWindowsには、簡単な統計処理や図表作成に便利なアプリケーションが沢山あります。距離行列の解析と印刷に適した物をいくつかあげておきます。

Microsoft Excel, Lotus 123
スプレッドシート(表計算ソフト)です。.datファイルを読み込ませて、統計計算をさせたり、グラフを作成することができます。また、.txtファイルを読み込ませれば距離行列を美しく印刷することが出来ます。これらのファイルは、列の区切りをTABとSPACEで、行の区切りをRETURNで区切ったテキストファイルとして、読み込みます。詳しくはマニュアルやヘルプを参照して下さい。
dBASE, Access
リレーショナルデータベースと呼ばれるソフトウェアです。.datファイルを読み込ませて、複雑な計算をさせることが可能です。これらのファイルは、列の区切りをTABとSPACEで、行の区切りをRETURNで区切ったテキストファイルとして、読み込みます。詳しくはマニュアルやヘルプを参照して下さい。
StatView, SSPC
統計計算ソフトです。.datファイルを読み込ませて、複雑な統計解析をさせることが可能です。これらのファイルは、列の区切りをTABとSPACEで、行の区切りをRETURNで区切ったテキストファイルとして、読み込みます。詳しくはマニュアルやヘルプを参照して下さい。
DeltaGraph, KaleidaGraph
グラフ作成ソフトです。.datファイルを読み込ませて、グラフを書かせることが可能です。計算は苦手なものが多いので、スプレッドシートと組み合わせた方が良いでしょう。