mean nucleotide diversityの算出
meandiv.pl

遺伝子の分化の程度の指標として、進化距離の平均を算出する事は頻繁に行われています。SHeadでは、meandiv.plというスクリプトを使う事でMEGAの距離行列から簡単に平均を算出できます。

マトリクス全体の平均の算出

meandiv.plを使って、マトリクスの平均(mean nucleotide diversity)を算出する為にはプロンプトから、以下のように打ちます。
user@host% meandiv.pl ファイル名.mdx
すると、
sequence1 sequcence2 sequcence3 sequcence4 ...
mean    0.051225
SE      0.000995
n       2016
と出力されます。1行目から順に、計算に用いたクローン名の列挙、平均、標準誤差、データ数が表示されます。
ざんねんながらmeandiv.plはフィルタではありませんので、pdx2mdx.plなどからパイプで繋げることはできません。

マトリクスの部分的な平均を算出する

meandiv.plの便利な機能に、リストファイルの利用があります。これをうまく使えば、大きな距離行列のある一群のクローンの間のmean nucleotide diversityを計算する事が出来ます。シーケンスが幾つかのグループに分かれている時や、距離行列がシーケンスした全てのクローンを含む為に重複が生じている時などに、この機能を使うと便利です。
リストファイルに記されたクローンのmean nucleotide diversityを計算するには、プロンプトから、
user@host% meandiv.pl ファイル名.mdx リストファイル名
と打ちます。出力は、先程と同様です。
リストファイルは、こちらの説明にしたがってワープロ・エディタやnuiqlist.plで作って下さい。