PHYLIP用シーケンスファイルと距離行列ファイルの扱い
pdx2mdx.pl

aln2phy.pl, seq2phy.pl等で作成されたPHYLIPの入力用シーケンスファイルは、PC, Mac, UnixなどにインストールされたPHYLIPで使うことが可能です。Unixの場合はそのままプロンプトで使います。ほかのパソコンに持って行く時には少々のテクニックを要します。
一方、PHYLIPのdnadist.exe等が出力する距離行列をさらに SHeadの環境で解析する為には、MEGAの距離行列ファイルに変換する必要があります。このためのスクリプトも用意されています。

PHYLIPへの入出力に関する注意

PHYLIPはUnix、IBM-PC互換機、PC-9801、Macintoshなどの多くの環境で動きます。SHeadをUnixで動かしているがPHYLIPはパソコンの物を使いたいという時は、ファイル転送をする必要があります。Windows95マシンやMacintoshではSamba, AppleTalkが使えれば簡単にファイル転送する事が出来ます。また、FTP(MacではFetchですね)を使っても可能です。この時注意しなければならないのは、UnixとDOS, Macintochの改行コードの差異です。特にMacintoshに転送する時はこの違いをUNIX上で変換する事が必須です。
Unixと他の機種とのファイル変換のためのツールで、よく使われるのがqkcです。ここでは、qkcを使ったファイル転送の前処理の方法を説明します。
お使いのUNIX Workstationにqkcがインストールされていない場合は、インストールして下さい。一般ユーザでもインストール可能です。

AppleTalk経由でMacintoshに持って行く時は、プロンプトから

user@host% qkc -ma ファイル名
とします。そのあと、このファイルをmvコマンドでAppleTalkで読めるディレクトリに移動して下さい。なお、Fetchで転送する場合は変換の必要はありません。

Samba経由でWindowsに持って行く時は、プロンプトから

user@host% qkc -m ファイル名
とします。ただし、この変換は必ずしも必要ではないようです。そのあと、このファイルをWindows95のデスクトップ上に出し、local diskに落します。なお、FTPツールを用いる場合は変換の必要はありません。

転送したファイルは、PHYLIPのディレクトリ内にinfileという名前でコピーして、解析に使います。出力された距離行列ファイルはoutfileという名前が付いていますので、忘れない内に他のディレクトリに別名でコピーしておきましょう。

距離行列ファイルをUnix上に戻すには、先程の逆をやります。まず、FTP, Samba, AppleTalk等の手段で、Unix上の自分のディレクトリにファイルを転送します。このとき、拡張子 .pdx を付ける事を推奨します。次に、

user@host% qkc -u ファイル名
と打ち込み、ファイルをUnix形式に書き換えます。

PHYLIPの距離行列ファイルをMEGAの形式に変える

SHeadでは標準の距離行列フォーマットとしてMEGAのものを採用しています(これは技術的な問題です)。PHYLIPで解析された距離行列を更にSHeadに戻したいときには、pdx2mdx.plというスクリプトを使います。
プロンプトから、
user@host% pdx2mdx.pl ファイル名.pdx
と打ち込むと、画面上にMEGA形式の距離行列に変換されたデータが出力されます。 正しい形式で出力された事を確認したら、
user@host% pdx2mdx.pl ファイル名.pdx > ファイル名.mdx
としてください。ファイル名.mdxにMEGA距離行列ファイルが作成されます。